2013年可谓是种子行业的“严冬”，绝大多数种子企业陷入低迷。虽然这几年种子价格较高，但实际库存压力很大，产能严重过剩，我国种子行业正面临着严峻的挑战。
尚普咨询行业分析师指出：种子行业位于整个农业产业链的起点，是提高农业综合生产能力、增加农民收入、确保粮食安全、关系国计民生的基础型、战略性产业，我国政策虽然也试图扶持种业，但是行业仍然面临不少挑战。
我国种业面临的主要挑战就是产能过剩。2013年9月在长春举行的全国种子双交会上，农业部有关人士通报了2014年主要农作物的供求情况分析，“过剩”成为主题词，特别是杂交玉米种子。据统计，2013年全国玉米制种面积382亿亩，预计制种量达13.6亿公斤，加上2012年可用库存10亿公斤，总供给能力在23.6亿公斤以上。预计2014年全国玉米种植面积5.5亿亩，用种量大约11.5亿公斤，供大于求12.1亿公斤左右。不难看出整个行业的库存率已经超过50%，即使2014年不生产，单从数量上讲，也能够满足2015年全国一年的用种需求。当然，这还仅仅是官方的数字，不包括众多的私繁滥制、侵权套牌公司与个人的库存量，市场的阵阵寒意与众多投资机构的追捧形成鲜明对比。
据悉，国家相关部门为了引导和扶持种子行业的发展，在2013年密集出台了多项措施。但是，种子行业的低迷局面并没有因为扶持政策的频频出炉而有所好转。并且有些政策非但没有起到积极的作用，反而产生了负面的效应。如国家倾向靠资金、靠政策搞制种基地，基地大了，种子多了，导致整个行业的产能过剩更加严重；将进出口种子企业注册资本由1000万元提高到3000万元，但至少到目前仍未解决企业杂乱、种子质量参差不齐的问题。
对于种子行业而言，良种商品化或许可以成为解决产能过剩的良药。有关专家指出，国际上种子商品化率平均可达70%，发达国家更高达到90%以上。与这些国家相比，我国良种商品化率还不到50%，常规水稻、小麦、大豆、蔬菜等商品化率比较低。因此，种子在商品化方面还有很大的空间可以开拓。
